Kompetisi ini melibatkan klub-klub yang sudah menjadi anggota aktif PSSI, serta klub calon anggota yang telah disahkan dalam kongres tahunan Asosiasi Provinsi (Asprov) dan terdaftar secara resmi.
Dalam informasi terbaru, Asprov PSSI Nusa Tenggara Barat (NTB) mengeluarkan surat resmi bernomor 36/Asprov.PSSI-NTB/IV-2025 pada 12 April 2025, menyatakan bahwa tim Garuda Muda FC mengundurkan diri dari kompetisi. Asprov NTB juga menyatakan tidak akan menunjuk tim pengganti.
Sebagai tindak lanjut, PSSI memutuskan untuk memberikan slot kosong tersebut kepada Asprov Papua Barat. Posisi Garuda Muda FC pun diisi oleh Manokwari United FC, yang merupakan runner-up Liga 4 zona Papua Barat.
Daftar Tim Peserta Liga 4 Nasional Tahun 2024-2025
Grup A
- Persip Pekalongan
- Persebri Batanghari FC
- PS. Hizbul Wathan
- Harimau Indonesia FC
Grup B
- Persibat Batang
- Celebest FC
- Persikomet Metro
- Perseftim
Grup C
- PS. Sandeq Polman